Основными лечебными факторами озера Шира являются минеральные воды самого озера, скважины, иловая грязь и степной климат.
Лечебное отделение санатория Шира предлагает курсовое лечение минеральными водами, жемчужные ванны, дерматологические ванны, селеновые ванны, скипидарные ванны, лечебные души, подводный душ массаж, орошение минеральной водой: кишечный душ, глубокое, орошение кишечника, гинекологические орошения, грязелечение аппликационное, электрогрязелечение, ингаляция, физиотерапия, галотерапия, механотерапия, психотерапия, фитотерапия, иглорефлексотерапия, массаж лечебный, кислородный коктейль, лечебная физкультура, медикаментозное лечение по показаниям, оказание скорой и неотложной медицинской помощи.
Так же неотъемлемой частью курортного лечения является диетическое питание.